膝の曲げ伸ばしで膝が鳴る場合、足関節と膝関節と股関節の関係性を見直すといいかもしれません。膝を伸ばしていくときは、息を吐きながら足関節の底屈から足先が遠くに向かうように動かしていきます。膝を曲げてくるときは、息を吸いながら足関節の背屈から股関節を沈めるように動かしていきます。
感覚的には、「押し出す・押しつぶす」のではなく、「先端の動きに末端がついていく」です。うまくいけば、関節の動きが円滑になるはずです。